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故事在废土风格基础上架构了一个极具颓废气息的末世界，具有魔族血统被视为异类的主角在尔虞我诈的世界里，希冀去实现自己近乎渺茫的理想——拥有一位真正的朋友。在主角的任务过程中，偶然结识到的一位伙伴正逐步打开着主角的心扉。

原本中医系毕业的张机，因为中医不容乐观的就业情势，于是打算转行“更有前途”的西医。然而某天他回家后，发现家中多了位不速之客——医仙【岐伯】。岐伯以“因为你是张机（张仲景）”为理由，将“重振中医”交给了张机。 为了让张机可以胜任“重振中医”的重任，岐伯遣药灵亲自教导张机中药的配伍使用，并将一本可以与药灵订立契约的《玉函本草集》交由张机，同时让人参【任弦】作为张机的帮助与监督者。

这家叫做“妙药堂”的中医诊所，他的拥有者是家里世代行医的唐本草。这个诊所不光给人看病，还接待一些神秘奇异的妖怪……在大夫与病人之间，在人类与妖怪之间，发生了各种各样的故事……

燕赤霞在家门遭变之后，看透世人的贪嗔欲爱，决心潜心修道。他的师傅为了试炼他，让他只身去黑山捉妖。在试炼的过程中，燕赤霞遇上了不顾他人劝阻夜宿鬼寺的落魄书生宁采臣，二人成为邻居。宁采臣偶遇女鬼聂小倩，两情相悦。但小倩是被树妖姥姥控制的鬼魂，专门迷惑精壮男子代姥姥吸取阳气。宁采臣欲救小倩脱离姥姥魔掌，但苦于姥姥功力深厚，小倩无法脱离其魔掌。二人遂向燕赤霞求救，一场人鬼大战就此展开……